ในปี 1975 Jean Grey วัยแปดขวบประสบอุบัติเหตุรถชนขณะขับรถไปกับพ่อแม่ ดูเหมือนพวกเขาทั้งสองจะถูกฆ่าทิ้งให้เธอเป็นเด็กกำพร้า ศาสตราจารย์ชาร์ลส์ซาเวียร์พาเธอไปที่โรงเรียนเด็กมีพรสวรรค์ของซาเวียร์ซึ่งเขาสัญญาว่าจะสอนเกรย์ถึงวิธีใช้ของขวัญให้เป็นประโยชน์
ในปี 1992 X-Men ตอบสนองต่อสัญญาณความทุกข์จากกระสวยอวกาศเอนเดฟเวอร์ซึ่งได้รับความเสียหายอย่างหนักจากพลังงานคล้ายเปลวไฟจากแสงอาทิตย์ ในขณะที่ช่วยชีวิตนักบินอวกาศฌองถูกพลังงาน เธอรอดชีวิตจากแรงระเบิดและดูดซับพลังงานได้อย่างน่าอัศจรรย์ช่วยเครื่องบินของทีมเธอจากการถูกทำลาย อย่างไรก็ตามผลจากพลังงานพลังจิตของเธอได้รับการขยายอย่างมากและสภาพอารมณ์ของเธอเริ่มแย่ลงทำให้ Raven Darkhölmeดุซาเวียร์โดยอ้างว่าเขาทำให้ทีมตกอยู่ในอันตรายโดยไม่จำเป็นเพียงเพื่อการอนุมัติและการยกย่องจากเผ่าพันธุ์มนุษย์ เมื่อเธอเครียดมากขึ้นอำนาจของฌองก็ยากที่จะควบคุมต่อไป เธอเผลอปล่อยพลังของมนุษย์กลายพันธุ์ฉลองชัยชนะในอวกาศที่โรงเรียนของซาเวียร์
ซาเวียร์เผยให้ X-Men คนอื่น ๆ เห็นว่าเขาได้วางบล็อกทางจิตใจไว้ในจิตใจของฌองตั้งแต่ยังเป็นเด็กเพื่อป้องกันไม่ให้เธอรักษาบาดแผลในวัยเด็ก เรเวนตกใจกับการเปิดเผยของชาร์ลส์ ในขณะเดียวกันบล็อกทางจิตใจในจิตใจของฌองก็ถูกทำลายโดยพลังที่เพิ่มขึ้นของเธอและบาดแผลในวัยเด็กของเธอก็ค่อย ๆ กลับคืนมาทำให้เธอเต็มไปด้วยความโกรธและความเจ็บปวด เธอเดินทางไปบ้านเกิดของเธอหลังจากเห็นภาพพ่อของเธอพูดกับเธอ
เมื่อมาถึงเธอพบว่าพ่อของเธอยังมีชีวิตอยู่ เขารอดชีวิตจากอุบัติเหตุรถชน แต่หลังจากนั้นก็ทิ้งเธอไป ฌองฟื้นความทรงจำที่สมบูรณ์ของเธอเกี่ยวกับอุบัติเหตุทางรถยนต์และตระหนักว่าไม่สามารถควบคุมพลังของเธอได้ตั้งแต่อายุยังน้อยเธอได้ทำให้แม่ของเธอหมดสติที่พวงมาลัยโดยไม่ได้ตั้งใจด้วยกระแสจิตของเธอทำให้การชนที่คร่าชีวิตเธอโดยไม่ได้ตั้งใจ การตระหนักว่าเธอต้องรับผิดชอบต่อการตายของแม่ของเธอทำให้เธอเกิดโรคเครียดหลังบาดแผลและพลังของเธอก็ยิ่งควบคุมไม่ได้ X-Men มาถึงและหลังจากการต่อสู้กันชั่วครู่ซาเวียร์หยุดเวลาชั่วคราวเพื่อให้เรเวนพยายามเกลี้ยกล่อมให้ฌองกลับบ้าน อย่างไรก็ตามฌองต่อสู้กับเรเวนและระเบิดพลังของเธอออกไป Jean ยังทำร้าย Peter Maximoff Raven ตกลงบนเศษกระสุนซึ่งเจาะทะลุร่างของเธอและฆ่าเธอ ฌองหนีขณะที่แฮงค์แท้ร้องไห้เหนือร่างของเรเวน
แฮงค์เผชิญหน้ากับชาร์ลส์โดยอ้างว่าแทนที่จะปกป้องนักเรียนจากโลกเขาควรจะปกป้องพวกเขาจากเขา Jean เดินทางไปยังเกาะ Genosha ซึ่งเป็นที่หลบภัยของมนุษย์กลายพันธุ์ที่ดำเนินการโดย Erik Lehnsherr เธอขอความช่วยเหลือจากเขาในการควบคุมความโกรธของเธอและในตอนแรกเขาก็เห็นด้วย อย่างไรก็ตามเฮลิคอปเตอร์ทหารของสหรัฐฯปรากฏตัวบนเกาะหลังจากนั้นไม่นานโดยเรียกร้องให้ฌองยอมจำนน เธอเข้าร่วมกองกำลังทหารในการต่อสู้ แต่เอริกช่วยพวกเขาไว้ได้ จากนั้นเขาก็ขับไล่ฌองออกจากเกาะโดยปฏิเสธที่จะช่วยเธอ
ฌองหนีอีกครั้งและได้พบกับวุคหัวหน้าเผ่าพันธุ์มนุษย์ต่างดาวที่เปลี่ยนแปลงรูปร่างซึ่งรู้จักกันในชื่อ D’Bari ผู้ซึ่งสมมติว่าเป็นมนุษย์ เธออธิบายกับฌองว่าพลังจักรวาลที่เธอพบในอวกาศได้ผูกมัดกับร่างกายของเธอ จากนั้น Vuk ก็เผยให้เห็นว่ากองกำลังได้กวาดล้างดาวเคราะห์บ้านเกิดของ D’Bari และยังคงเผาผลาญสิ่งที่อยู่ในเส้นทางของมันทำให้เกิดการทำลายล้างไม่ว่ามันจะไปที่ใดจนกว่ามันจะถูกดึงไปที่ Jean
แฮงค์เสียใจกับการตายของเรเวนโทษชาร์ลส์ที่ไม่สามารถรักษาความปลอดภัยให้เธอได้ เขาออกจากโรงเรียนและเป็นพันธมิตรกับเอริกและกลุ่มมนุษย์กลายพันธุ์ในความพยายามที่จะฆ่าฌองในนิวยอร์กซิตี้และล้างแค้นเรเวน เมื่อรู้แผนของเอริก X-Men ก็บินไปนิวยอร์กเพื่อพยายามช่วยฌอง ในขณะที่พวกเขาต่อสู้เอริกสามารถเข้าไปในอาคารและเผชิญหน้ากับฌองได้ แต่ต้องพ่ายแพ้ต่อพลังที่เพิ่มขึ้นของเธอ จากนั้นซาเวียร์ก็เข้ามาและฌองโจมตีเขาจนกว่าเขาจะโน้มน้าวให้เธออ่านความทรงจำของเขา – ปล่อยให้บุคลิกในอดีตของเธอฟื้นคืนชีพ ฌองเสนอที่จะให้วุครับพลังจากเธอด้วยความรู้สึกสำนึกผิด อย่างไรก็ตามมีการเปิดเผยว่าการทำเช่นนั้นจะฆ่าเธอและวุคตั้งใจที่จะใช้กำลังเพื่อยึดครองโลก
สก็อตซัมเมอร์สป้องกันไม่ให้วุคดูดพลังจากฌองอย่างเต็มที่โดยการระเบิดเธอด้วยลำแสงออปติกแม้ว่าฌองจะหมดสติจากการทดสอบ กองกำลังของรัฐบาลสหรัฐฯมาถึงและใช้อาวุธที่ทำให้มึนงงและปลอกคอยับยั้งพลังโจมตีและปราบทั้งสองฝ่ายที่กลายพันธุ์ จากนั้นมนุษย์กลายพันธุ์ทั้งหมดจะถูกวางไว้บนรถไฟมุ่งหน้าไปยังสถานที่กักกัน
Vuk และกองกำลัง D’Bari ของเธอโจมตีรถไฟ เมื่อผู้เปลี่ยนรูปร่างเอาชนะทหารเหล่ามนุษย์กลายพันธุ์จะถูกปลดปล่อยจากพันธนาการเพื่อต่อสู้กับภัยคุกคาม ชาร์ลส์และสก็อตต์โน้มน้าวแฮงค์เอริกและพรรคพวกของเขาว่าฌองยังคงเป็นคนดีโดยเนื้อแท้และไม่เกินความช่วยเหลือ ตอนนี้ได้รวมตัวกันเพื่อปกป้อง Jean มนุษย์กลายพันธุ์จัดการกับผู้โจมตี D’Bari ส่วนใหญ่จนกระทั่ง Vuk มาถึงและมุ่งหน้าไปยัง Jean เอาชนะมนุษย์กลายพันธุ์แต่ละตัวที่พยายามจะหยุดเธอ ชาร์ลส์พูดคุยกับฌองภายในจิตใจของเขาทำให้เธอสามารถควบคุมได้อีกครั้ง เธอให้อภัยชาร์ลส์สำหรับความผิดพลาดของเขาเข้าใจว่าเขาทำในสิ่งที่เขาทำด้วยความรักและ X-Men กลายเป็นครอบครัวที่แท้จริงของเธอเมื่อพ่อของเธอทิ้งเธอไป
ฌองตื่นขึ้นและหลุดพ้นจากพันธนาการของเธอช่วยชีวิตมนุษย์กลายพันธุ์จากการโจมตีของวุคและซากรถไฟที่ตามมาก่อนที่จะสลาย D’Bari ที่เหลือในขณะที่พวกเขาโจมตีเธอ วุคพยายามที่จะระบายพลังของฌองอีกครั้ง แต่เธอคว้า Vuk ไว้และบินออกไปสู่อวกาศ ฌองปลดปล่อยพลังทั้งหมดของเธอและสังหาร Vuk แต่ความเครียดทำให้เธอหายไปด้วยพลังงานที่ระเบิดออกมาในรูปแบบของนกฟีนิกซ์
หลังจากเหตุการณ์ดังกล่าวโรงเรียนของซาเวียร์ได้เปลี่ยนชื่อเป็น “โรงเรียนฌองเกรย์สำหรับเยาวชนที่มีพรสวรรค์” และแฮงค์กลายเป็นคณบดีคนใหม่ของพวกเขาโดยชาร์ลส์เกษียณแล้ว ขณะที่ตั้งถิ่นฐานในปารีสชาร์ลส์ต้องประหลาดใจที่ร้านกาแฟของเอริกซึ่งเสนอให้เล่นเกมหมากรุก เมื่อเริ่มต้นนกฟีนิกซ์เพลิงก็ปรากฏขึ้นบนท้องฟ้า
In 1975, eight-year-old Jean Grey is involved in a car crash while driving with her parents. They are seemingly both killed, leaving her an orphan. Professor Charles Xavier takes her to Xavier’s School for Gifted Youngsters, where he promises to teach Grey how to use her gifts for good.
In 1992, the X-Men respond to a distress signal from the Space Shuttle Endeavour, which has been critically damaged by solar flare-like energy. While saving the astronauts, Jean is struck by the energy. Miraculously, she survives the blast and absorbs the energy, saving her team’s aircraft from destruction. However, as a result of the energy, her psychic powers are greatly amplified, and her emotional state begins to deteriorate, leading Raven Darkhölme to scold Xavier, claiming he puts the team in unnecessary danger solely for approval and praise from the human race. As she becomes increasingly stressed, Jean’s powers continue to become harder to control. She accidentally unleashes her power on mutants celebrating the victory in space at Xavier’s school.
Xavier reveals to the rest of the X-Men that he had placed mental blocks in Jean’s mind as a young girl to keep her from retaining her childhood trauma. Raven is shocked at Charles’ revelation. Meanwhile, the mental blocks in Jean’s mind are destroyed by her enhanced power and her childhood trauma slowly returns, filling her with rage and pain. She travels to her hometown after having visions of her father speaking to her.
Upon arriving, she finds her father alive; he had survived the car crash but forsook her afterwards. Jean recovers her complete memory of the car accident and realizes that, unable to control her powers at such a young age, she had accidentally rendered her mother unconscious at the wheel with her telepathy, inadvertently causing the crash that killed her. The realization that she is responsible for her mother’s death causes her to develop post-traumatic stress disorder, and her powers spiral even further out of control. The X-Men arrive, and after a brief skirmish, Xavier pauses time to allow Raven to try to persuade Jean to come back home. However, Jean lashes out against Raven and blasts her away with her powers. Jean also injures Peter Maximoff. Raven lands on shrapnel, which pierces through her body and kills her. Jean flees as Hank McCoy weeps over Raven’s body.
Hank confronts Charles, claiming that instead of protecting the students from the world, he should have protected them from him. Jean travels to the island of Genosha, a mutant refuge run by Erik Lehnsherr. She asks for his help in controlling her rage, and initially, he agrees. However, U.S. military helicopters appear on the island shortly after, demanding Jean’s surrender. She engages the military forces in combat, but Erik saves them. He then banishes Jean from the island, refusing to help her.
Jean flees again and meets Vuk, the leader of a shape-shifting alien race known as the D’Bari, who has assumed human form. She explains to Jean that the cosmic force she encountered in space has bonded to her body. Vuk then reveals that the force had wiped out the D’Bari home planet and had continued to consume all those in its path, causing destruction wherever it went until it was drawn to Jean.
Hank, grieving over Raven’s death, blames Charles for failing to keep her safe. He leaves the school and allies with Erik and his faction of mutants, in an attempt to kill Jean in New York City and avenge Raven. Upon learning of Erik’s plan, the X-Men fly to New York to try to save Jean. As they battle, Erik manages to enter the building and confronts Jean, only to be defeated by her amplified powers. Xavier then enters, and Jean attacks him until he convinces her to read his memories – allowing her former personality to resurface. Feeling remorseful, Jean offers to let Vuk take the force from her, who agrees. However, it is revealed that doing so would kill her and that Vuk intends to use the force to conquer Earth.
Scott Summers prevents Vuk from fully absorbing the force from Jean by blasting her with his optic beam, though Jean loses consciousness from the ordeal. U.S. government troops arrive and, using stun weapons and power-inhibiting collars, attack and subdue both mutant factions. All of the mutants are then placed on a train headed towards a containment facility.
Vuk and her D’Bari forces attack the train. When the shape-shifters overpower the soldiers, the mutants are freed from their restraints to combat the threat. Charles and Scott convince Hank, Erik, and his allies that Jean is still inherently good and not beyond help. Now united to protect Jean, the mutants deal with most of the D’Bari attackers, until Vuk arrives and heads for Jean, defeating each mutant who attempts to stop her. Charles confers with Jean within his mind, allowing her to regain control. She forgives Charles for his errors, understanding that he did what he did out of love and that the X-Men became her real family when her father abandoned her.
Jean awakens and breaks free of her restraints, saving the mutants from Vuk’s attack and the ensuing train wreck before disintegrating the remaining D’Bari as they attack her. Vuk once again attempts to drain Jean of the force, but she grabs hold of Vuk and flies into outer space. Jean unleashes all her power and kills Vuk, but the strain causes her to vanish in a burst of energy in the form of a phoenix.
In the aftermath of the incident, Xavier’s school is renamed the “Jean Grey School for Gifted Youngsters”, and Hank becomes their new dean with Charles having retired. While settling himself in Paris, Charles is surprised at a cafe by Erik, who offers to play a game of chess. As they begin, a flaming phoenix appears in the sky.
