ห้าปีหลังจาก Godzilla เอาชนะ King Ghidorah ส่วน Kong ได้รับการตรวจสอบโดย Monarch ภายในโดมขนาดยักษ์บน Skull Island คองมาเยี่ยมโดยเจียลูกสาวบุญธรรมของอิลีนแอนดรูส์ผู้เชี่ยวชาญชาวไอวี่คนสุดท้ายและคองซึ่งเป็นคนหูหนวกและสื่อสารกับกงผ่านภาษามือ
เบอร์นีเฮย์สพนักงานของเอเพ็กซ์ไซเบอร์เนติกส์และโฮสต์ของพอดคาสต์ทฤษฎีสมคบคิดของไททันดึงข้อมูลที่บ่งบอกถึงกิจกรรมที่น่ากลัวในโรงงานเพนซาโคลา อย่างไรก็ตามก็อดซิลล่าโจมตีสถานที่นั้นอย่างกะทันหัน ในระหว่างการอาละวาด Bernie สะดุดกับอุปกรณ์ขนาดใหญ่ Madison Russell แฟนของพอดคาสต์ของ Bernie ขอให้ Josh เพื่อนของเธอตรวจสอบการโจมตีของ Godzilla
Walter Simmons ซีอีโอของ Apex รับสมัคร Nathan Lind อดีตนักวิทยาศาสตร์ของ Monarch และนักทฤษฎี Hollow Earth เพื่อเป็นแนวทางในการค้นหาแหล่งพลังงานใน Hollow Earth ซึ่งเป็นโฮมเวิร์ลดของไททันส์ ตอนแรกนาธานลังเลขณะที่พี่ชายของเขาเสียชีวิตในการเดินทางไปยังโลกกลวงเนื่องจากผลกระทบจากแรงโน้มถ่วงย้อนกลับอย่างรุนแรง เขาเห็นด้วยหลังจากที่ Walter เปิดเผยว่า Apex ได้พัฒนา HEAVs ซึ่งเป็นงานฝีมือเฉพาะทางที่สามารถทนต่อแรงกดดันจากสนามแรงโน้มถ่วงได้
นาธานพบกับอิลีนและปลอบให้เธอปล่อยให้คองนำทางพวกเขาผ่านโลกกลวงผ่านด่านในแอนตาร์กติกา นาธานอิลีนและทีมเอเพ็กซ์ที่นำโดยไมอาลูกสาวของวอลเตอร์ขึ้นเรือที่ได้รับการดัดแปลงซึ่งนำโดยกองทัพเรือสหรัฐฯซึ่งบรรทุกเรือกงที่สงบนิ่งและถูกคุมขัง ก๊อตซิลล่าโจมตีขบวนรถและเอาชนะคอง แต่ถอยกลับไปหลังจากที่เรือรบปิดใช้พลังและหลอกให้เขาคิดว่าพวกเขาถูกทำลาย เพื่อหลีกเลี่ยงการแจ้งเตือนก็อตซิลล่าคองถูกส่งไปที่ทางเข้าฮอลโลว์เอิร์ ธ และเจียก็ปลอบให้เขาเข้าไปในอุโมงค์ในขณะที่ทีมติดตามเขาใน HEAVs
เมดิสันและจอชพบเบอร์นีที่เข้าร่วมการสืบสวนของพวกเขา พวกเขาแอบเข้าไปในฐานทัพเอเพ็กซ์ที่อับปางค้นพบสถานที่ลับใต้ดินและถูกขังไว้ในการขนส่งรถไฟฟ้ารางเดี่ยวใต้ดินไปยังสำนักงานใหญ่ของเอเพ็กซ์ในฮ่องกงโดยไม่ได้ตั้งใจซึ่งพวกเขาสะดุดกับการทดสอบของเมชาก็อดซิลลาโดยไม่เจตนา มันถูกควบคุมทางโทรจิตโดย Ren Serizawa ลูกชายของIshirō Serizawa ผู้ล่วงลับ ผ่านโครงข่ายประสาทจากกะโหลกศีรษะของ Ghidorah ที่ถูกตัดขาด แต่ถูกรบกวนด้วยข้อ จำกัด ของแหล่งจ่ายไฟ วอลเตอร์ตั้งใจที่จะควบคุมพลังงานของ Hollow Earth เพื่อเอาชนะข้อ จำกัด ของ Mechagodzilla
ภายในโลกกลวงคองและทีมพบระบบนิเวศที่คล้ายกับเกาะกะโหลก พวกเขาค้นพบห้องบัลลังก์บรรพบุรุษของเผ่าพันธุ์ของเขาที่ซึ่งพวกเขาพบซากศพของสงครามโบราณกับชนิดของก็อตซิลล่าและขวานเรืองแสงที่ทำจากแผ่นหลังอื่นของก็อตซิลล่า ในขณะที่พวกเขาระบุแหล่งพลังงานทีม Apex ส่งลายเซ็นกลับไปที่ฐานในฮ่องกงแม้จะมีการประท้วงของ Ilene ด้วยการกระตุ้นของ Mechagodzilla ทำให้ Godzilla เดินทางมาถึงฮ่องกงและสัมผัสกับ Kong เขาเจาะเพลาตรงไปยังห้องบัลลังก์พร้อมกับลมปราณปรมาณูของเขา ในการทำร้ายร่างกายที่ตามมาไมอาและทีมเอเพ็กซ์พยายามหลบหนี แต่ HEAV ของพวกเขาถูกคองบดขยี้ Kong, Ilene, Jia และ Nathan ขึ้นสู่ฮ่องกงที่ซึ่ง Godzilla และ Kong ต่อสู้กัน ในตอนแรกก็อตซิลล่าถูกครอบงำโดย Kong แต่ก็อดซิลล่าได้รับชัยชนะ Kong เสียสติหลังจากพ่ายแพ้ให้กับ Godzilla
แมดิสันจอชและเบอร์นีถูกเจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยจับตัวและนำตัวไปที่วอลเตอร์ แม้ว่า Ren จะกังวลเกี่ยวกับความผันผวนของแหล่งพลังงาน แต่ Walter ก็สั่งให้เขาเปิดใช้งาน Mechagodzilla พวกเขาสูญเสียการควบคุม Mechagodzilla ที่ฆ่าวอลเตอร์ใช้ไฟฟ้าดูด Ren แล้วโจมตีฮ่องกง การต่อสู้ของ Godzilla และ Mechagodzilla แต่ก็อตซิลล่าถูกครอบงำ นาธานทำให้กงฟื้นโดยการทำลาย HEAV และเจียปลอบให้เขาช่วยก็อตซิลล่า ในขณะที่ Mechagodzilla สามารถเอาชนะทั้ง Titans ได้ Josh จึงลัดวงจรเข้าควบคุม Mechagodzilla ด้วยขวดเหล้าของ Bernie ทำให้กลไกหยุดชะงักชั่วขณะ ก็อตซิลล่าอัดขวานของ Kong ด้วยลมปราณปรมาณูทำให้ Kong สามารถทำลาย Mechagodzilla ได้ แมดิสันเบอร์นีและจอชกลับมารวมตัวกับมาร์ครัสเซลอีกครั้งในขณะที่ก็อตซิลล่าและคองรับรู้ซึ่งกันและกันก่อนที่ทั้งสองจะแยกทางกัน
ในเวลาต่อมา Monarch ได้ตั้งเสาสังเกตการณ์ใน Hollow Earth ซึ่งตอนนี้ Kong ได้ตั้งกฎ
Five years after Godzilla defeated King Ghidorah, Kong is monitored by Monarch within a giant dome on Skull Island. Kong is visited by Jia, the last Iwi native and Kong expert Ilene Andrews’ adopted daughter, who is deaf and communicates with Kong via sign language.
Bernie Hayes, an employee of Apex Cybernetics and host of a Titan conspiracy theory podcast, extracts data suggesting sinister activities at a Pensacola facility. However, Godzilla suddenly attacks the facility; during the rampage, Bernie stumbles on a massive device. Madison Russell, a fan of Bernie’s podcast, enlists her friend Josh to investigate Godzilla’s attacks.
Apex CEO Walter Simmons recruits Nathan Lind, former Monarch scientist and Hollow Earth theorist, to guide a search for a power source into the Hollow Earth, the homeworld of the Titans. Nathan is initially hesitant as his brother died in an expedition to the Hollow Earth due to a strong reverse-gravitational effect. He agrees after Walter reveals that Apex has developed HEAVs, specialized crafts able to withstand the pressure exerted by the gravity field.
Nathan meets with Ilene and convinces her to let Kong guide them through the Hollow Earth via an outpost in Antarctica. Nathan, Ilene, and an Apex team led by Walter’s daughter Maia board a modified barge escorted by the U.S. Navy that carries a sedated and restrained Kong. Godzilla attacks the convoy and defeats Kong, but retreats after the ships disable their power and trick him into thinking they are destroyed. To avoid alerting Godzilla, Kong is airlifted to the Hollow Earth entrance, and Jia convinces him to enter the tunnel while the team follows him in the HEAVs.
Madison and Josh find Bernie, who joins their investigation. They sneak into the wrecked Apex base, discover a secret facility underground, and are inadvertently locked into an underground monorail transport to Apex headquarters in Hong Kong, where they unwittingly stumble on a test of Mechagodzilla. It is telepathically controlled by Ren Serizawa, the son of the late Ishirō Serizawa, through the neural networks from the skull of a severed Ghidorah head, but is hobbled by its power supply’s limitations. Walter intends to harness the Hollow Earth’s energy to overcome Mechagodzilla’s limitations.
Inside the Hollow Earth, Kong and the team find an ecosystem similar to Skull Island. They discover his species’ ancestral throne room, where they find remains of an ancient war with Godzilla’s kind and a glowing axe made from another Godzilla’s dorsal plates. As they identify the power source, the Apex team sends its signature back to their Hong Kong base despite Ilene’s protests. Attracted by Mechagodzilla’s activation, Godzilla arrives in Hong Kong, and sensing Kong, he directly drills a shaft to the throne room with his atomic breath. In the ensuing mayhem, Maia and the Apex team attempt to escape but their HEAV is crushed by Kong. Kong, Ilene, Jia, and Nathan ascend to Hong Kong, where Godzilla and Kong battle. Godzilla is initially overpowered by Kong, but Godzilla emerges victorious. Kong loses consciousness after being defeated by Godzilla.
Madison, Josh, and Bernie are caught by security and taken to Walter. Despite Ren’s concerns over the power source’s volatility, Walter orders him to activate Mechagodzilla. They lose control of Mechagodzilla, who kills Walter, electrocutes Ren and then attacks Hong Kong. Godzilla and Mechagodzilla battle, but Godzilla is overwhelmed. Nathan revives Kong by destroying the HEAV, and Jia convinces him to help Godzilla. As Mechagodzilla overpowers both Titans, Josh short-circuits Mechagodzilla’s controls with Bernie’s flask of liquor, momentarily interrupting the mech. Godzilla supercharges Kong’s axe with his atomic breath, allowing Kong to destroy Mechagodzilla. Madison, Bernie, and Josh reunite with Mark Russell, while Godzilla and Kong acknowledge each other before the two go their separate ways.
Sometime later, Monarch has established an observation post in the Hollow Earth, where Kong now rules.
