หลักสมถวิปัสสนาของหลวงปู่เสาร์ พิจารณากายแยกออกเป็นธาตุ ๔ ดิน น้ำ ลม ไฟ หลักการสอนท่านก็สอนในหลักของสมถวิปัสสนา ดังที่เราเคยได้ยินได้ฟังกันมาแล้วนั้น แต่ท่านจะเน้นหนักในการสอนให้เจริญพุทธคุณเป็นส่วนใหญ่
เมื่อเจริญพุทธคุณจนคล่องตัวจนชำนิชำนาญแล้ว ก็สอนให้พิจารณากายคตาสติ เมื่อสอนให้พิจารณากายคตาสติ พิจารณาอสุภกรรมฐาน จนคล่องตัวจนชำนิชำนาญแล้ว ก็สอนให้พิจารณาธาตุกรรมฐาน ให้พิจารณากายแยกออกเป็นธาตุ ๔ ดิน น้ำ ลม ไฟ แล้วก็พยายามพิจารณาว่า ในร่างกายของเรานี้ไม่มีอะไร มีแต่ธาตุ ๔ ดิน น้ำ ลม ไฟ ประชุมกันอยู่เท่านั้น หาสัตว์บุคคลตัวตนเราเขาไม่มี
ในเมื่อฝึกฝนอบรมให้พิจารณาจนคล่องตัว จิตก็จะมองเห็นสิ่งที่ไม่มีตัวตน คือเห็นว่าร่างกายนี้ ไม่ใช่ตัว เป็นอนัตตาทั้งนั้น จะมีตัวมีตนในเมื่อแยกออกไปแล้ว มันก็มีแต่ธาตุ ๔ ดิน น้ำ ลม ไฟ สัตว์บุคคลตัวตน เราเขาไม่มี แต่อาศัยความประชุมพร้อม ของธาตุ ๔ ดิน น้ำ ลมไฟ มีปฏิสนธิจิตปฏิสนธิวิญญาณมายึดครองอยู่ในร่างอันนี้ เราจึงสมมุติบัญญัติว่าสัตว์บุคคลตัวตนของเรา อันนี้เป็นแนวการสอนของพระอาจารย์เสาร์ พระอาจารย์มั่น และพระอาจารย์สิงห์
การพิจารณาเพียงแค่ว่าพิจารณากายคตาสติก็ดี พิจารณาธาตุกรรมฐานก็ดี ตามหลักวิชาการท่านว่าเป็นอารมณ์ของสมถกรรมฐาน แต่ท่านก็ย้ำให้พิจารณาอยู่ในกายคตาสติ กรรมฐานกับธาตุกรรมฐานนี้เป็นส่วนใหญ่ ที่ท่านย้ำๆ ให้พิจารณาอย่างนี้ ก็เพราะว่าทำให้ภูมิจิต ภูมิใจของนักปฏิบัติก้าวขึ้นสู่ภูมิแห่งวิปัสสนาได้เร็ว โดยเฉพาะอย่างยิ่งการพิจารณากายคตา
สติ แยกผม ขน เล็บ ฟัน หนัง เนื้อ เอ็น กระดูก เป็นต้น ออกเป็นส่วนๆ เราจะมองเห็นว่า ในกายของเรานี้ก็ไม่ใช่ตัว ไม่ใช่ตน มันเป็นแต่เพียง ผม ขน เล็บ ฟัน หนัง เนื้อ เอ็น กระดูกเท่านั้น ถ้าว่ากายนี้เป็นตัวเป็นตน ทำไมจึงจะเรียกว่าผม ทำไมจึงจะเรียกว่าขน ทำไมจึงจะเรียกว่าเล็บ ว่าฟัน ว่าเนื้อ ว่าเอ็น ว่ากระดูก ในเมื่อแยกออกไปเรียกอย่างนั้นแล้ว มันก็ไม่มีสัตว์ บุคคล ตัวตน เรา เขา
นอกจากนั้น ก็จะมองเห็นอสุภกรรมฐาน เห็นว่าร่างกายนี้เต็มไปด้วยของปฏิกูล น่าเกลียด โสโครก น่าเบื่อหน่าย ไม่น่ายึดมั่นถือว่าเป็นอัตตาตัวตน แล้วพิจารณาบ่อยๆ พิจารณาเนืองๆ จนกระทั่งจิตเกิดความสงบ สงบแล้วจิตจะปฏิบัติตัวไปสู่การพิจารณาโดยอัตโนมัติ ผู้ภาวนาก็เริ่มจะรู้แจ้งเห็นจริงในความเป็นจริงของร่างกายอันนี้ โดยเฉพาะอย่างยิ่งการพิจารณาธาตุ ๔ ดิน น้ำ ลม ไฟ พิจารณากายแยกออกเป็นส่วนๆ ส่วนนี้เป็นดิน ส่วนนี้เป็นน้ำ ส่วนนี้เป็นลม ส่วนนี้เป็นไฟ เราก็จะมองเห็นว่า ร่างกายนี้สักแต่ว่าเป็นดิน เป็นน้ำ เป็นลม เป็นไฟ สัตว์ บุคคล ตัวตน เรา เขาไม่มี ก็ทำให้จิตของเรามองเห็นอนัตตาได้เร็วขึ้น เพราะฉะนั้นการเจริญกายคตาสติก็ดี การเจริญธาตุกรรมฐานก็ดี จึงเป็นแนวทางให้จิตดำเนินก้าวขึ้นสู่ภูมิแห่งวิปัสสนาได้
และอีกอันหนึ่ง อานาปานสติ ท่านก็ยึดเป็นหลักการสอน โดยเฉพาะอย่างยิ่งกรรมฐานอานาปานสติ การกำหนดพิจารณากำหนดลมหายใจนั้น จะไปแทรกอยู่ทุกกรรมฐาน จะบริกรรมภาวนาก็ดี จะพิจารณาก็ดี ในเมื่อจิตสงบลงไป ปล่อยวางอารมณ์ที่พิจารณาแล้ว ส่วนใหญ่จิตจะไปรู้อยู่ที่ลมหายใจเข้าออก ในเมื่อจิตตามรู้ลมหายใจเข้าออก กำหนดรู้ลมหายใจเข้าออกอยู่เป็นปกติ จิตเอาลมหายใจเป็นสิ่งรู้สติเอาลมหายใจเป็นสิ่งระลึก ลมหายใจเข้าออกเป็นไปตามปกติของร่างกาย เมื่อสติไปจับอยู่ที่ลมหายใจ ลมหายใจก็เป็นฐานที่ตั้งของสติ ลมหายใจเป็นสิ่งที่เกี่ยวเนื่องด้วยกาย สติไปกำหนดรู้อยู่ที่ลม หายใจเข้าออก จดจ่ออยู่ที่ตรงนั้น วิตกถึงลมหายใจ มีสติรู้พร้อมอยู่ในขณะนั้น จิตก็มีวิตกวิจารอยู่กับลมหายใจ เมื่อจิตสงบลงไป ลมหายใจก็ค่อยละเอียดๆ ลงไปเรื่อยๆ
จนกระทั่งในที่สุดลมหายใจหายขาดไป เมื่อลมหายใจหายขาดไปจากความรู้สึก ร่างกายที่ปรากฏว่ามีอยู่ก็พลอยหายไปด้วย ในเมื่อเป็นเช่นนั้น ถ้าหากว่าลมหายใจยังไม่ หายขาดไป กายก็ยังปรากฏอยู่ เมื่อจิตตามลมหายใจเข้าไปข้างใน จิตจะไปสงบนิ่งอยู่ในท่ามกลางของกาย แล้วก็แผ่รัศมีออกมารู้ทั่วทั้งกาย จิตสามารถที่จะมองเห็นอวัยวะต่างๆ ภายในร่างกายได้หมดทั้งตัว เพราะลมย่อมวิ่งเข้าไปที่ส่วนต่างๆ ของร่างกาย ลมวิ่งไปถึงไหนจิตก็รู้ไปถึงนั่น ตั้งแต่หัวจรดเท้า ตั้งแต่เท้าจรดหัว ตั้งแต่แขนซ้ายแขนขวา ขาขวาขาซ้าย เมื่อจิตตามลมหายใจเข้าไปแล้ว จิตจะรู้ทั่วกายหมด
ในขณะใดกายยังปรากฏอยู่ จิตสงบอยู่ สงบนิ่ง รู้กว้างอยู่ในกาย วิตก วิจาร คือจิตรู้อยู่ภายในกาย สติก็รู้พร้อมอยู่ในกาย ในอันดับนั้นปีติและความสุขย่อมบังเกิดขึ้น เมื่อปีติและความสุขบังเกิดขึ้น จิตก็เป็นหนึ่ง นิวรณ์ ๕ กามฉันทะ พยาบาท ถีนมิทธะ อุทธัจจกุกกุจจะ วิจิกิจฉา ก็หายไป จิตกลายเป็นสมถะ มีพลังพอที่จะปราบ นิวรณ์ ๕ ให้สงบระงับไป ผู้ภาวนาก็จะมองเห็นผลประโยชน์ในการเจริญสมถกรรมฐาน